ПОДБОР ПРАЙМЕРОВ И ЗОНДА ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ ВИРУСА БЕШЕНСТВА МЕТОДОМ ОТ-ПЦР В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ
ПОДБОР ПРАЙМЕРОВ И ЗОНДА ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ ВИРУСА БЕШЕНСТВА МЕТОДОМ ОТ-ПЦР В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ
DOI:
https://doi.org/10.52578/2305-9397-2024-3-1-310-321Аннотация
Создание отечественной тест-системы для диагностики вируса бешенства является актуальной задачей и обусловлено необходимостью ранней диагностики заболевания. Целью данного исследования является подбор праймеров и зонда для диагностики вируса бешенства с помощью метода обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ОТ-ПЦР РВ). В работе представлены результаты конструирования и синтеза праймеров и зонда для постановки ОТ-ПЦР РВ по идентификации вируса бешенства.
В ходе экспериментов были подобраны и синтезированы пара олигонуклеотидных праймеров N-RabF и N-RabR, также зонд N-Rab. При постановке ОТ-ПЦР РВ олигонуклeотидныe прaймeры N-Rab F и N-Rab R с рабочей концентрацией 20 пмоль показали высокую эффективность при выявлении вируса бешенства. Подбор прaймeров проведен с использованием компьютерных программ Primer Blast и Vector NTI. Праймeры были использованы для амплификации фрагментa гена N, кодирующего нуклеопротеин генома вируса бешенства. Конструированные прaймeры и зонд в дальнейшем будут использованы при создании отечественной ОТ-ПЦР РВ тест-системы.
Библиографические ссылки
Rupprecht, C.E. Oral vaccination of wildlife against rabies: opportunities and challenges in prevention and control [Текст] / C.E. Rupprecht, C.A. Hanlon, D. Slate // Developments in Biologicals (Basel). – 2004. – 119. – 173-184 p.
Fooks, A. Rabies [Текст] / A. Fooks, F. Cliquet, S. Finke // Nat Rev Dis Primers. – 2017. – 3. – 17091. https://doi.org/10.1038/nrdp.2017.91
Afonso, C.L. Taxonomy of the order Mononegavirales: Update 2016 [Текст] / C.L. Afonso, G.K. Amarasinghe, K. Banyai, Y. Bao, K.F. Basler // Archives of Virology. – 2016. – 161(8). – 2351-2360 p.
Литусов, Н.В. Вирус бешенства [Текст] / Н.В. Литусов // Иллюстрированное учебное пособие. – 2018. – Екатеринбург: УГМУ.
Yousaf, M.Z. Rabies molecular virology, diagnosis, prevention and treatment [Текст] /
M.Z. Yousaf, M. Qasim, S. Zia, M.R. Khan, U.A. Ashfaq, S. Khan // Virology Journal. – 9(50). – 2012.
Xianfu, W. Both viral transcription and replication are reduced when the rabies virus nucleoprotein is not phosphorylated [Текст] / W. Xianfu, X. Gong, D.F. Heather, J.S. Matthias, Z.F. Fu // J Virol. – 2002. – 76(9). – 4153-4161 p.
Banyard, A.C. Control and prevention of canine rabies: the need for building laboratory-based surveillance capacity [Текст] / A.C. Banyard, D.L. Horton, C. Freuling, T. Muller, A.R. Fooks // Antiviral Res. – 2013. – 98. – 357–364 p.
Fooks, A.R. Emerging technologies for the detection of rabies virus: challenges and hopes in the 21st century [Текст] / A.R. Fooks, N.J. Conrad, M. Freuling, P.R. Wakeley, A.C. Banyard,
L.M. McElhinney, D.A. Marston, A. Dastjerdi, E. Wright, R.A. Weiss, T. Müller // PLoS Negl. Trop. Dis. – 2009. – 3. – e530.
Duong, V. Laboratory diagnostics in dog-mediated rabies: an overview of performance and a proposed strategy for various settings [Текст] / V. Duong, A. Tarantola, S. Ong, C. Mey, R. Choeung, S. Ly, H. Bourhy, P. Dussart, P. Buchy // Int. J. Infect. Dis. – 2016. – 46. – 107-114 p.
Coetzer, A. The SARE tool for rabies control: current experience in Ethiopia [Текст] /
A. Coetzer, A.H. Kidane, M. Bekele, A.D. Hundera, E.G. Pieracci, M.L. Shiferaw, R. Wallace,
L.H. Nel // Antiviral Res – 2016. – 135. – 74-80 p.
Fahrion, A.S. The road to dog rabies control and elimination – what keeps us from moving faster? [Текст] / A.S. Fahrion, L.H. Taylor, G. Torres, T. Müller, S. Dürr, L. Knopf, K. Balogh,
L.H. Nel, M.J. Gordoncillo, B. Abela-Ridder // Front. Public Health. – 2017. – 5. – 103 p.
Bourhy, H. Rabies in Europe in 2005 [Текст] / H. Bourhy, L. Dacheux, C. Strady, A. Mailles // Euro Surveillance. – 2005. – 10. – 11 p.
Coleman, P.G. Estimating the public health impact of rabies [Текст] / P.G. Coleman,
E.M Fèvre, S. Cleaveland // Emerg Infect Dis. – 2004. – 10(1). – 140-2 p. doi: 10.3201/eid1001.020774.
Lembo, T. Evaluation of a Direct, Rapid Immunohistochemical Test for Rabies Diagnosis [Текст] / T. Lembo, M. Niezgoda, A. Velasco-Villa, S. Cleaveland, E. Ernest, Ch.E. Rupprecht // Emerg Infect Dis. – 2006. – 12(2). – 310-313 p.
Mani, R.S. Laboratory Diagnosis of Human Rabies: Recent Advances [Текст] / R.S. Mani, Sh.N. Madhusudana // Scientific World Journal. – 2013. – 569712. doi: 10.1155/2013/569712.
Аппель, Б. Нуклеиновые кислоты: от А до Я [Текст] / Б. Аппель // М.: Бином: Лаборатория знаний. – 2013. – С. 413.
Кригер, О.В. Основные аспекты конструирования праймеров для определения видовой принадлежности ДНК крупного рогатого скота методом полимеразной цепной реакции [Текст] / О.В. Кригер, Л.С. Солдатова, А.Ю. Кравченко, М.В. Новоселова // Современные проблемы науки и образования. – 2012. – № 2.
WHO Expert Consultation on Rabies: Third report. WHO technical report series. No. 1012. WHO Press, World Health Organization. Geneva 27, Switzerland. – 2018. – 183 p.
WHO Immunological Basis for Immunization Series. Module 17: Rabies. Update 2017. World Health Organization. Switzerland, Geneva 27. – 2017. – 40 p.
Интернет ресурс https://www.gov.kz/memleket/entities/pavlodar-bayanaul/press/article/details/163088?lang=ru
Дедков В.Г. Разработка и апробация набора реагентов для определения РНК классического вируса бешенства методом ОТ-ПЦР в реальном времени. [Текст] / В.Г. Дедков, А.А. Девяткин, Е.М. Полещук, М.В. Сафонова, М.Л. Маркелов, Г.А. Шипулин // Вопросы вирусологии. – 2016. – 61(5). – С. 235-240.
REFERENCES
Rupprecht, C.E. Oral vaccination of wildlife against rabies: opportunities and challenges in prevention and control [Текст] / C.E. Rupprecht, C.A. Hanlon, D. Slate // Developments in Biologicals (Basel). – 2004. – 119. – 173-184 p.
Fooks, A. Rabies [Текст] / A. Fooks, F. Cliquet, S. Finke // Nat Rev Dis Primers. – 2017. – 3. – 17091. https://doi.org/10.1038/nrdp.2017.91
Afonso, C.L. Taxonomy of the order Mononegavirales: Update 2016 [Текст] / C.L. Afonso, G.K. Amarasinghe, K. Banyai, Y. Bao, K.F. Basler // Archives of Virology. – 2016. – 161(8). – 2351-2360 p.
Litusov, N.V. Virus beshenstva [Tekst] / N.V. Litusov // Illyustrirovannoe uchebnoe posobie. – 2018. – Ekaterinburg: UGMU.
Yousaf, M.Z. Rabies molecular virology, diagnosis, prevention and treatment [Текст] /
M.Z. Yousaf, M. Qasim, S. Zia, M.R. Khan, U.A. Ashfaq, S. Khan // Virology Journal. – 9(50). – 2012.
Xianfu, W. Both viral transcription and replication are reduced when the rabies virus nucleoprotein is not phosphorylated [Текст] / W. Xianfu, X. Gong, D.F. Heather, J.S. Matthias, Z.F. Fu // J Virol. – 2002. – 76(9). – 4153-4161 p.
Banyard, A.C. Control and prevention of canine rabies: the need for building laboratory-based surveillance capacity [Текст] / A.C. Banyard, D.L. Horton, C. Freuling, T. Muller, A.R. Fooks // Antiviral Res. – 2013. – 98. – 357–364 p.
Fooks, A.R. Emerging technologies for the detection of rabies virus: challenges and hopes in the 21st century [Текст] / A.R. Fooks, N.J. Conrad, M. Freuling, P.R. Wakeley, A.C. Banyard,
L.M. McElhinney, D.A. Marston, A. Dastjerdi, E. Wright, R.A. Weiss, T. Müller // PLoS Negl. Trop. Dis. – 2009. – 3. – e530.
Duong, V. Laboratory diagnostics in dog-mediated rabies: an overview of performance and a proposed strategy for various settings [Текст] / V. Duong, A. Tarantola, S. Ong, C. Mey, R. Choeung, S. Ly, H. Bourhy, P. Dussart, P. Buchy // Int. J. Infect. Dis. – 2016. – 46. – 107-114 p.
Coetzer, A. The SARE tool for rabies control: current experience in Ethiopia [Текст] /
A. Coetzer, A.H. Kidane, M. Bekele, A.D. Hundera, E.G. Pieracci, M.L. Shiferaw, R. Wallace,
L.H. Nel // Antiviral Res – 2016. – 135. – 74-80 p.
Fahrion, A.S. The road to dog rabies control and elimination – what keeps us from moving faster? [Текст] / A.S. Fahrion, L.H. Taylor, G. Torres, T. Müller, S. Dürr, L. Knopf, K. Balogh,
L.H. Nel, M.J. Gordoncillo, B. Abela-Ridder // Front. Public Health. – 2017. – 5. – 103 p.
Bourhy, H. Rabies in Europe in 2005 [Текст] / H. Bourhy, L. Dacheux, C. Strady, A. Mailles // Euro Surveillance. – 2005. – 10. – 11 p.
Coleman, P.G. Estimating the public health impact of rabies [Текст] / P.G. Coleman,
E.M Fèvre, S. Cleaveland // Emerg Infect Dis. – 2004. – 10(1). – 140-2 p. doi: 10.3201/eid1001.020774.
Lembo, T. Evaluation of a Direct, Rapid Immunohistochemical Test for Rabies Diagnosis [Текст] / T. Lembo, M. Niezgoda, A. Velasco-Villa, S. Cleaveland, E. Ernest, Ch.E. Rupprecht // Emerg Infect Dis. – 2006. – 12(2). – 310-313 p.
Mani, R.S. Laboratory Diagnosis of Human Rabies: Recent Advances [Текст] / R.S. Mani, Sh.N. Madhusudana // Scientific World Journal. – 2013. – 569712. doi: 10.1155/2013/569712.
Appel', B. Nukleinovye kisloty: ot A do YA [Tekst] / B. Appel' // M.: Binom: Laboratoriya znanij. – 2013. – S. 413.
Kriger, O.V. Osnovnye aspekty konstruirovaniya prajmerov dlya opredeleniya vidovoj prinadlezhnosti DNK krupnogo rogatogo skota metodom polimeraznoj cepnoj reakcii [Tekst] /
O.V. Kriger, L.S. Soldatova, A.YU. Kravchenko, M.V. Novoselova // Sovremennye problemy nauki i obrazovaniya. – 2012. – № 2.
WHO Expert Consultation on Rabies: Third report. WHO technical report series. No. 1012. WHO Press, World Health Organization. Geneva 27, Switzerland. – 2018. – 183 p.
WHO Immunological Basis for Immunization Series. Module 17: Rabies. Update 2017. World Health Organization. Switzerland, Geneva 27. – 2017. – 40 p.
Internet resurs https://www.gov.kz/memleket/entities/pavlodar-bayanaul/press/article/details/163088?lang=ru
Dedkov V.G. Razrabotka i aprobaciya nabora reagentov dlya opredeleniya RNK klassicheskogo virusa beshenstva metodom OT-PCR v real'nom vremeni. [Tekst] / V.G. Dedkov,
A.A. Devyatkin, E.M. Poleshchuk, M.V. Safonova, M.L. Markelov, G.A. SHipulin // Voprosy virusologii. – 2016. – 61(5). – S. 235-240.
